一般的なシステムエンジニアは、他の会社に手伝いに行ったり他の会社から手伝いに来てもらったりしながら、チームで開発を行うというスタイルが多いと思います。これが普通に出来る人なら、フリーランスになれます。

ただ私の経験上、フリーランスでやっている人は技術力・問題解決能力などが高めの人が多い傾向があります。